Jonny Lee Miller, właściwie Jonathan Lee Miller (ur. 15 listopada 1972 w Kingston upon Thames) – brytyjski aktor i producent filmowy.
Urodził się w Kingston upon Thames jako syn aktora teatralnego Alana Millera i producentki/menadżerki teatralnej BBC Anne Lee. Jego dziadek ze strony matki Bernard Lee znany był z roli M w serii filmów o Jamesie Bondzie.
Mając jedenaście lat pojawił się w miniserialu BBC Television Centre Mansfield Park (1983) i serialu Jemima Shore Investigates (1983). Uczęszczał do Tiffin Boys’ School w Kingston, gdzie występował w szkolnych przedstawieniach i grał w zespole Tiffin Swing Band. W wieku siedemnastu lat opuścił szkołę z mocnym postanowieniem rozpoczęcia kariery aktorskiej. Po występie w jednym z odcinków serialu 4 Play – pt. Itch (1989), zagrał gościnnie w popularnym sitcomie brytyjskim Co ludzie powiedzą? (Keeping Up Appearances, 1990) jako narzeczony Róży. W 1993 roku zadebiutował na londyńskiej scenie Bush Theatre w spektaklu Wspaniała rzecz (Beautiful Thing) w roli Ste, chłopaka z sąsiedztwa, który musi ukrywać się przed sadystycznym ojcem. Na dużym ekranie zagrał po raz pierwszy postać młodego hakera w thrillerze Hakerzy (Hackers, 1995) u boku Angeliny Jolie i Matthew Lillarda.