Jonathan Lee Miller (Kingston upon Thames, 15 de noviembre de 1972) es un actor británico.
Jonathan Lee Miller nació en la población de Kingston upon Thames, ubicada al suroeste de Londres, Inglaterra. En el mundo artístico es mejor conocido como Jonny Lee Miller. Su padre es Alan Miller, un actor de teatro y director de escena de la cadena de televisión BBC, y su madre es Anne Lee (apellido de soltera), quien trabajó en el pasado en la producción de obras teatrales. El abuelo materno de Miller fue el famoso actor Bernard Lee, quien ha recibido reconocimiento por sus actuaciones en las primeras once películas de James Bond por el papel de M. En varias ocasiones, Miller ha declarado que recuerda agradablemente haber presenciado la grabación de programas como Top of the Pops y Blue Peter en los estudios de televisión cuando acompañaba a su padre.
Miller realizó sus estudios primarios en las escuela Tiffin School ubicada en Kingston upon Thames. En esta escuela obtuvo sus primeras experiencias actorales, y formó parte de la banda escolar de Swing. Miller abandonó la escuela a los 17 años, para ejercer su carrera de actor.