Jonathan „Jonny“ Lee Miller (* 15. November 1972 in Kingston upon Thames, London) ist ein britischer Schauspieler.
Miller ist der Enkel des Filmschauspielers Bernard Lee, der in den ersten elf James-Bond-Filmen die Rolle des „M“ spielte. Sein Vater Alan Miller war in den 1950er- und 1960er-Jahren ein Theaterschauspieler. Von 1996 bis 1999 war Miller mit Angelina Jolie verheiratet. Im Juli 2008 heiratete Miller die Schauspielerin Michele Hicks, und im Dezember 2008 wurde ihr gemeinsamer Sohn geboren.
Nachdem Miller in mehreren Theaterstücken in der Tiffin Boy’s Grammar School mitgespielt hatte, brach er die Schule mit 17 Jahren ab, um sich ganz der Schauspielerei widmen zu können. Mit den Filmen Hackers – Im Netz des FBI und Danny Boyles Trainspotting – Neue Helden erlangte er internationale Aufmerksamkeit. Zusätzlich war er in einigen BBC-Fernsehsendungen und verschiedenen Theaterstücken zu sehen.