Markus Babbel (d. 8 Eylül 1972, Münih), Bundesliga takımlarından Hoffenheim'ı çalıştıran Alman teknik direktör ve eski millî futbolcudur.
Babbel, futbola amatör olarak TSV Gilching-Argelsried takımında başladı. 1981 yılında geçtiği FC Bayern München'de çeşitli yaş gruplarında oynadıktan sonra, 1991-92 sezonunun 1. haftasında SV Werder Bremen ile oynanan maçta ilk kez A takım formasını giydi. Ertesi iki sezon boyunca Hamburg'a kiralandı ve bu dönemde kendini gösterme şansı buldu. 1994-95 sezonu başında tekrar Münih'e dönen Babbel, bu kez ilk 11'in değişmez isimlerinden oldu. 1996 Avrupa Futbol Şampiyonası'ndan sonra Manchester United FC kendisini 5 milyon £ karşılığında transfer etmek istemesine karşın takımında kalmayı tercih etti. Münih'le 1996-97, 1998-99, 1999-00 sezonlarında Bundesliga, 1998, 2000 yıllarında DFB-Pokal ve 1996 yılında UEFA Kupası şampiyonluğu yaşayan Babbel 2000-01 sezonu başında FC Liverpool takımına transfer oldu.