John Gavin Malkovich (d. 9 Aralık 1953), Emmy Ödüllü Amerikalı sinema oyuncusu, yönetmen ve yapımcı. In the Line of Fire ve Places in the Heart filmleri ile iki kez Oscar'a aday olmuştur.
Eastern Illinois Üniversitesi'ne katıldı ve arkadaşı Gary Sinise ile Chicago'da Steppenwolf Tiyatrosunun kuruluşuna yardım etti. Yedi yıl sonra Sam Shepard'ın 'True West' oyunuyla Obie Ödülü kazandı. Daha sonra Dustin Hoffman'la ünlü yazar Arthur Miller'ın 'Death of a Salesman' oyununu canlandırdı. Aynı eserin televizyon uyarlamasındaki performansıyla Emmy Ödülü kazandı. 'Places in the Heart' filminde bir kötüyü canlandırdı ve Akademi Ödülüne aday gösterildi. Aynı yıl 'The Killing Fields'de başrol oynadı ve asıl büyük çıkışını 'Dangerous Liaisons' filimde yaptı. Clint Eastwood'un 'In the Line of Fire'ında cani bir suikastçi, Joseph Conrad'ın 'Heart of Darkness' romanının televizyon uyarlamasında ise modern dünyadan vahşi doğasına kaçan albay Kurtz karakterlerini canlandırdı. 'The Portrait of a Lady', 'Mary Reilly' gibi seçkin filmlerde ve kendisini canlandırdığı Spike Jonze filmi 'Being John Malkovich'deki performanslarıyla da oldukça iyi övgüler aldı. 2006 yılında Gustav Klimt'in biyografisini canlandırdı.