Fernando Manuel Costa Santos (d. 19 Ekim, 1954; Lizbon), Portekizli teknik direktör.
Kariyerine 1972'de SL Benfica'nın altyapısında başladı. CS Marítimo ve GD Estoril Praia de oynayarak kariyerine son verdi.
Estoril'de 1987'de teknik direktörlüğe başlayarak 1994'e kadar görevine devam etti. Fernando Santos ile Estoril 2 lig atlayarak Portekiz Premier Ligi'ne çıktı. 1994'te Estrela da Amadora'da teknik direktörlüğe devam etti. 1998'de FC Porto'ya geçti ve 2001'e kadar bu kulüpte görev yaptı. 2001'de Yunan AEK'nin başına geçti. Bir sonraki sezon Panathinaikos'u çalıştımaya başladı. Bir sezon çalıştıktan sonra Sporting Lizbon'nin başına geçti. 2004'te tekrar AEK'ye geçerek 2006 yılına kadar bu kulüpte çalıştı ve 2006 yılında Portekiz'e dönerek SL Benfica'nın başına geçti.