То́мас Хе́льмер (нем. Thomas Helmer; 21 апреля 1965, Херфорд, Северный Рейн-Вестфалия, ФРГ) — немецкий футболист, играл на позиции защитника.
В конце сезона 1984/85 Томас дебютировал в Бундселиге, так как клуб, к котором он играл, «Арминия», находился в зоне вылета и всеми силами пытался выбраться оттуда. 23 марта 1985 года в матче с гельзенкирхенским «Шальке» Томас был выпущен на поле как одна из последних надежд. Но и он не смог помочь, билефельдцы вчистую проиграли матч со счётом 0:3. Сезон также не был спасён; по его итогам «Арминия» вылетела во Вторую Бундеслигу, где Томас Хельмер показал себя во всей красе и сезон 1986/87 начинал уже в дортмундской «Боруссии». Там он сразу стал игроком основы и провёл шесть неплохих сезонов, сыграв в общей сложности 190 матчей и забив 16 мячей.
Летом 1992 года Томас перешёл в мюнхенскую «Баварию» за 7,5 миллионов марок, так как дортмундцы не хотели усиливать конкурента и пытались продать футболиста французскому «Лиону». У мюнхенцев в то время остро стоял вопрос о защитниках — завершил карьеру Ханси Пфлюглер, перешёл в «Гамбург» Маркус Баббель. Практически не имея конкуренции, Хельмер сразу же стал на долгое время игроком основы. Дебют в «Баварии» состоялся 15 августа 1992 года в матче первого тура против Байер Юрдингена, завершившемся победой мюнхенцев со счётом 3:0. Томас провёл на поле весь матч и даже успел отличиться на 85-й минуте встречи. В 1997 году Томас стал капитаном команды, сменив легендарного Лотара Маттеуса и был им до 1999 года, пока не покинул клуб.