Джо Фле́ниган (англ. Joe Flanigan, р. 5 января 1967) — американский актёр, известен своей ролью майора/подполковника Джона Шеппарда в научно-фантастическом сериале «Звёздные врата: Атлантида».
Джо Флениган родился в Лос-Анджелесе 5 января 1967 года. В возрасте шести лет он с родителями переезжает на ранчо неподалеку от Рино (Невада). Его родители, Джон и Нэнси Флениган, и сейчас живут там. До четырнадцати лет он учился в школе-интернате в Охай (Калифорния). Здесь Джо сыграл Стэнли Ковальского в школьной постановке "Трамвая «Желание» Теннеси Уильямса. Обучаясь в Колорадском университете, он получил степень по истории, и по программе обмена ездил на год в Париж.
После окончания колледжа Флениган успел перепробовать множество профессий — от банковского дела до политики. Но нигде не чувствовал себя комфортно. После того как его уволили из журнала «Интервью», он стал безработным и переехал в Нью-Йорк. Его сосед, актер, убедил Джо попробовать себя в этой области. Актерскому мастерству он обучался в нью-йоркском окружном театре. Поначалу он работал на радио. В 1994 году он впервые снимается в мини-сериале на NBC «Семейный альбом Даниэлы Стил». Он постоянно появляется в «Сестрах» и «Первом понедельнике».