Душку привлекла внимание агентов по кастингу, когда ей было всего 10 лет. Она была выбрана после пяти месяцев поисков по всей стране на роль Алисы, играющей вместе с Джульетт Льюис в фильме «Той самой ночью» (1992). В 1993 году Элайза сыграла в фильме «Жизнь этого парня» вместе с Робертом Де Ниро и Леонардо Ди Каприо и эта роль открыла ей дверь в большое кино. В следующем году она играла дочь Арнольда Шварценеггера и Джейми Ли Кёртис в фильме «Правдивая ложь». В 1995 году она играла дочь Паула Рейзера в фильме «Прощай, любовь».