Markus Babbel (ur. 8 września 1972 w Monachium) – niemiecki piłkarz, obecnie trener piłkarski, podczas kariery grał na pozycji obrońcy.
Babbel treningi rozpoczął w 1979 roku w klubie TSV Gilching-Argelsried. W 1981 roku trafił do juniorskiej ekipy Bayernu Monachium. W 1991 roku został włączony do jego pierwszej drużyny, grającej w Bundeslidze. W tych rozgrywkach zadebiutował 3 sierpnia 1991 roku w zremisowanym 1:1 meczu z Werderem Brema. W 1992 roku został wypożyczony do Hamburgera SV. W jego barwach, 5 czerwca 1993 roku w przegranym 1:2 spotkaniu z Eintrachtem Frankfurt strzelił pierwszego gola w trakcie gry w Bundeslidze.
W 1994 roku Babbel powrócił do Bayernu z wypożyczenia. Występował przez kolejne 6 lat. W tym czasie zdobył z zespołem Puchar UEFA (1996), 3 mistrzostwa Niemiec (1997, 1999, 2000), 3 Puchary Ligi Niemieckiej (1997, 1998, 1999) oraz 2 Puchary Niemiec (1998, 2000). W 1999 roku wystąpił także z klubem w finale Ligi Mistrzów, gdzie Bayern uległ jednak Manchesterowi United.