Marcin Kowalczyk (ur. 9 kwietnia 1985 w Wieruszowie) – polski piłkarz grający na pozycji obrońcy. Były reprezentant Polski.
Jest wychowankiem Polonii Kępno, a następnie UKS SMS Łódź. Karierę piłkarską rozpoczął w ŁKS Łódź. Potem reprezentował barwy Stali Głowno i GKS Bełchatów.
Do Dinama Moskwa z Priemjer-Liga przeszedł 1 stycznia 2008 za 800 tysięcy euro. 23 września 2008 Kowalczyk zdobył swoją pierwszą bramkę w barwach Dynama Moskwa, otwierając mecz 1/16 Pucharu Rosji z SKA Rostów, wygranym na własnym stadionie 2:0. 1 marca 2011 został wypożyczony do ukraińskiego Metałurha Donieck z Premier-liha za kwotę odstępnego 50 tys. euro. W 2011 roku został piłkarzem KGHM Zagłębia Lubin z Ekstraklasy. W czerwcu 2012 został piłkarzem Śląska Wrocław. W maju 2013 podpisał kontrakt z rosyjskim klubem Wołga Niżny Nowogród, obowiązujący do czerwca 2016. W nowym klubie zadebiutował 19 sierpnia 2013 w meczu z FK Rostów, wygranym 4:0. Swoją pierwszą bramkę w barwach rosyjskiego klubu zdobył 7 grudnia 2013 w ligowym spotkaniu z Krylja Sowietow Samara. Mimo, że Kowalczyk zdobył bramkę na 1:0 to jego klub ostatecznie przegrał 1:2.