Joe Flanigan, właśc. Joseph Harold Dunnigan III (ur. 5 stycznia 1967 w Los Angeles) – amerykański aktor i scenarzysta telewizyjny.
Urodził się w Los Angeles w Kalifornii jako syn Nancy i Johna Flaniganów. Dorastał na małej farmie hodowlanej przy Reno, w stanie Nevada. Mając czternaście lat podjął naukę w Ojai Valley School w Kalifornii, gdzie wystąpił w roli Stanleya Kowalskiego w szkolnym przedstawieniu teatralnym Tennessee Williamsa Tramwaj zwany pożądaniem. Potem studiował historię na Uniwersytecie Kolorado w Boulder, gdzie pojawiał się na scenie jako tytułowy Koriolan (Coriolanus) na podstawie sztuki Williama Szekspira.
Następnie studiował w Paryżu w ramach programu Junior Year Abroad. Zajmował się polityką, pisał artykuły do „Interview”, podjął pracę dla czasopisma „Town & Country”. Powrócił jednak do aktorstwa, studiując w nowojorskiej Neighborhood Playhouse School of the Theatre i występując jako Eddie w Pułapce królika (Rabbit Trap).