Holger Badstuber (ur. 13 marca 1989 w Memmingen) – niemiecki piłkarz występujący na pozycji obrońcy w niemieckim klubie VfB Stuttgart. Brązowy medalista Mistrzostw Świata 2010.
Zaczął karierę jako junior w VfB Stuttgart, a w 2002 przeniósł się do Bayernu Monachium. W 2007 zadebiutował w drużynie rezerw, a w lipcu 2009 podpisał kontrakt z drużyną seniorów Bayernu Monachium. W Bundeslidze zadebiutował 8 sierpnia w zremisowanym 1:1 meczu z TSG 1899 Hoffenheim. Od początku sezonu 2009/2010 Badstuber stał się podstawowym zawodnikiem Bayernu.
28 listopada 2012, w 14. kolejce sezonu 2012/13 zagrał swój 100. mecz w Bundeslidze. 1 grudnia 2012 w meczu Bundesligi przeciwko Borussii Dortmund zerwał wiązadła krzyżowe. W lutym 2013 przedłużył swój kontrakt z Bayernem o 3 lata, do 2017. Pod koniec sezonu 2012/13 podczas świętowania ze swoją drużyną zdobycia Bundesligi odnowiła mu się kontuzja, przez co w sezonie 2013/14 nie zagrał żadnego spotkania w trykocie Bayernu. Do treningów powrócił w lipcu 2014. W sezonie 2014/15 w meczu 3. kolejki Bundesligi, 13 września przeciw VfB Stuttgart ponownie zerwał wiązadła krzyżowe.