Emanuel Pogatetz (ur. 16 stycznia 1983 w Grazu) – piłkarz austriacki grający na pozycji lewego lub środkowego obrońcy.
Pogatetz urodził się w Grazu i piłkarską karierę rozpoczynał w tamtejszym Sturmie Graz. W 1999 roku został włączony do kadry pierwszego zespołu, ale nie zdołał w nim zadebiutować w pierwszej lidze Austrii, a na sezon 2000/2001 trafił do FC Kärnten debiutując w nim w drugiej lidze. Jako 17-latek grał w wyjściowej jedenastce klubu i awansował z nim do pierwszej ligi. Latem 2001 Pogatetz trafił do Bayeru 04 Leverkusen, ale cały sezon 2001/2002 spędził w rezerwach klubu grając w Regionallidze Północnej. W Bundeslidze jednak nie zadebiutował także w następnym sezonie i kolejne sezony spędził poza Leverkusen.
Latem 2002 Pogatetz został wypożyczony do FC Aarau, z którym utrzymał się w szwajcarskiej ekstraklasie. Sezon 2003/2004 spędził na kolejnym wypożyczeniu, tym razem do Grazer AK. Z klubem z rodzinnego miasta wywalczył mistrzostwo Austrii (31 meczów, 1 gol), a w GAK grał także w rundzie wiosennej sezonu 2004/2005. Natomiast pierwszą połowę roku 2005 Emanuel rozegrał w Spartaku Moskwa, z którym wywalczył wicemistrzostwo Rosji.