Daniele Bonera (ur. 31 maja 1981 w Brescii) – włoski piłkarz grający na pozycji środkowego obrońcy. Od 2015 roku zawodnik Villarrealu CF.
Daniele Bonera zawodową karierę rozpoczynał w 1999 roku w Brescii Calcio, w której występował do sezonu 2001/2002. W Serie A zadebiutował 1 października 2000 roku w meczu przeciwko Udinese Calcio. Włoch z czasem wywalczył sobie miejsce w pierwszej jedenastce Brescii i łącznie rozegrał dla niej 60 ligowych pojedynków.
Latem 2002 roku Bonera został piłkarzem Parmy. W nowym klubie zadebiutował 15 września w zremisowanym 1:1 spotkaniu z Udinese. 26 stycznia 2003 roku włoski obrońca strzelił natomiast swoją pierwszą bramkę w karierze wpisując się na listę strzelców w zremisowanym 1:1 meczu przeciwko Brescii. Od początku pobytu na Stadio Ennio Tardini Bonera był podstawowym zawodnikiem swojej drużyny. 29 stycznia 2006 roku Włoch zanotował swój setny ligowy występ dla Parmy, a „Gialloblu” wygrali 2:1 z Empoli FC. Łącznie dla Parmy rozegrał 114 pojedynków w Serie A.