Stephen Gaghan (Louisville, 6 mei 1965) is een Amerikaans scenarioschrijver en filmregisseur. Hij won in 2001 een Oscar voor het scenario van Traffic (2000).
Stephen Gaghan werd in 1965 geboren in Louisville (Kentucky) als de zoon van Stephen Gaghan en Elizabeth Jane Whorton. Zijn vader overleed in 1980, waarna Tom Haag zijn stiefvader werd. Zijn grootvader, Jerry Gaghan, was een journalist en recensent voor Variety en Philadelphia Daily News. Als kind wilde hij net als zijn grootvader een schrijver worden.
Gaghan begon midden jaren 1990 met het schrijven van scenario's. Zo werkte hij mee aan de televisieseries NYPD Blue en The Practice. In diezelfde periode raakte hij verslaafd aan drugs en experimenteerde hij met onder meer alcohol, marijuana, cocaïne, heroïne en crack. Voor de aflevering "Where's Swaldo" van de politiereeks NYPD Blue won hij in 1997 een Emmy Award. Hij was op dat ogenblik zwaar verslaafd aan heroïne en cocaïne.