Stefan Ilsanker (Hallein, 18 mei 1989) is een Oostenrijks voetballer die doorgaans speelt als middenvelder. In juli 2015 verruilde hij Red Bull Salzburg voor RB Leipzig. Ilsanker maakte in 2014 zijn debuut in het Oostenrijks voetbalelftal.
Ilsanker speelde in de jeugdopleiding van 1. Halleiner SK. Daar was hij voornamelijk actief als doelman, maar op den duur besloot hij zich te richten op een rol als middenvelder. In 2005 vertrok Ilsanker naar Red Bull Salzburg. Op 4 april 2009 werd hij voor het eerst opgeroepen voor een wedstrijd van het eerste elftal. Hij bleef echter de gehele negentig minuten op de reservebank. In de zomer van 2010 besloot Ilsanker, na nog steeds geen competitieduels te hebben gespeeld voor Red Bull, te verkassen naar SV Mattersburg. Nadat hij daar twee jaar achtereen in het basiselftal stond, keerde hij in 2012 weer terug bij Red Bull, waar hij nu meer speeltijd kreeg. In het seizoen 2013/14 speelde Ilsanker bijna alle competitieduels mee. In de seizoenen 2013/14 en 2014/15 won hij met Red Bull Salzburg zowel de landstitel als Oostenrijkse voetbalbeker. In de zomer van 2015 maakte Ilsanker de overstap naar RB Leipzig, actief in de Duitse 2. Bundesliga. Op 25 juli 2015 maakte hij zijn debuut voor de club in het competitieduel tegen FSV Frankfurt (0–1 winst). In zijn eerste seizoen bij Leipzig promoveerde de club naar de Bundesliga.