Raphael Holzhauser (Wiener Neustadt, 16 februari 1993) is een Oostenrijks voetballer die bij voorkeur als middenvelder speelt. Hij tekende in 2012 een driejarig contract bij VfB Stuttgart, waar hij doorstroomde vanuit de jeugd. Stuttgart verhuurde hem gedurende het seizoen 2013-2014 aan FC Augsburg. Vervolgens speelde hij enkele seizoenen bij Austria Wien alvorens per 2018/19 uit te komen voor Grasshopper Club Zürich. In het seizoen 2019/20 komt hij uit voor Beerschot Voetbalclub Antwerpen waar hij een contract voor twee jaar heeft getekend.
Holzhauser kwam uit voor diverse Oostenrijkse jeugdelftallen. Hij debuteerde in 2010 in Oostenrijk -21.