Nicklas Pedersen (Køge, 10 oktober 1987) is een Deense voormalige voetballer die sinds zomer 2018 tot mei 2019 speelde voor FC Emmen. Hij is de zoon van voormalig voetballer en huidig voetbaltrainer Jesper Pedersen.
Pedersen begon zijn professionele voetbalcarrière bij de Deense club Herfølge BK, een club die in die periode afwisselend in de Deense Superliga en 1.Division uitkwam. Met zijn gemiddelde van één doelpunt per twee wedstrijden dwong Pedersen een transfer af naar de Deense subtopper FC Nordsjælland.
Door zijn prestaties bij Jong Denemarken en FC Nordsjælland kwam Pedersen in de nadrukkelijke belangstelling van FC Groningen te staan. Op 5 januari 2009 tekende hij een contract voor 4,5 jaar bij FC Groningen. Pedersen kwam in zijn beginperiode echter weinig in actie vanwege een hardnekkige knieblessure waarvan hij in september 2011 hersteld was. In oktober werd Pedersen echter opnieuw getroffen door een blessure, ditmaal aan zijn heup.