Markus Henriksen (Trondheim, 25 juli 1992) is een Noors voetballer die doorgaans als middenvelder speelt. Hij tekende in januari 2017 een contract tot medio 2019 bij Hull City, dat hem in het voorgaande halfjaar al huurde. Henriksen debuteerde in 2010 in het Noors voetbalelftal.
Markus kwam als jeugdspeler via Trond IL bij Rosenborg terecht. Hij bewees dat hij prima kon spelen als middenvelder. Hij maakte zijn debuut voor Rosenborg op 10 maart in een bekerwedstrijd tegen Gjøvik-Lyn en debuteerde in competitieverband op 20 september 2009 tegen Sandefjord Fotball. Hij werd met Rosenborg kampioen in 2009, op de leeftijd van 17 jaar. Het daaropvolgende seizoen werd hij een vaste waarde onder coach Erik Hamrén en bleef dat toen Nils Arne Eggen aangesteld werd als nieuwe coach. Hij scoorde zijn eerste goal voor Rosenborg op 11 april 2010, tegen Odd Grenland. Hij scoorde twee keer in een wedstrijd die met 3-1 werd gewonnen.