Markus Babbel (München, 8 september 1972) is een Duits voetbaltrainer en voormalig profvoetballer.
Babbel begon zijn carrière bij Bayern München, waar hij in de jeugd speelde en één seizoen bij het eerste elftal. Hij kwam weinig aan spelen toe en vertrok in 1992 naar Hamburger SV, waar hij in twee seizoenen bijna alle competitiewedstrijden speelde. Zijn goede spel bleef niet onopgemerkt en in 1994 keerde Babbel terug naar Bayern, waar hij deze keer wel in de basis stond. Na zes seizoenen verliet hij de club om aan de slag te gaan bij Liverpool FC. Hier kwam hij in de eerste twee seizoenen veel aan spelen toe. In 2003 werd hij verhuurd aan Blackburn Rovers, nadat hij in datzelfde jaar van doktoren te horen kreeg dat hij aan het Syndroom van Guillain-Barré leed. In 2004 verliet hij Engeland om zijn carrière af te sluiten bij VfB Stuttgart in zijn geboorteland. Hij sloot er zijn carrière af in 2007. Na zijn profcarrière werd hij bij Stuttgart aangesteld als assistent-coach. Sinds oktober 2014 is hij trainer van FC Luzern.