Julian Baumgartlinger (Salzburg, 2 januari 1988) is een Oostenrijks voetballer die doorgaans als defensieve middenvelder speelt. Hij verruilde 1. FSV Mainz 05 in juli 2016 voor Bayer Leverkusen. Baumgartlinger debuteerde in 2009 in het Oostenrijks voetbalelftal.
Baumgartlinger speelde in de jeugd bij USC Mattsee en 1860 München. Voor die laatste club maakte hij in 2007 zijn debuut in het betaald voetbal. Baumgartlinger verhuisde twee jaar later naar Austria Wien. In twee seizoenen speelde hij 61 wedstrijden voor Austria Wien en bereikte hij in het seizoen 2009/10 de tweede plaats van de competitie. In juli 2011 betaalde FSV Mainz 05 een bedrag van meer dan één miljoen euro voor de Oostenrijks international. Hij tekende een vierjarig contract bij de Duitse club. Baumgartlinger werd een vaste waarde in het elftal en speelde sinds 2011 meer dan honderd wedstrijden in de Duitse Bundesliga. Na vijf seizoenen bij Mainz tekende hij in juli 2016 een vierjarig contract bij Bayer Leverkusen, dat vier miljoen euro voor hem neertelde.