John Peter Petrucci (Long Island, New York, 12 juli 1967) is een Amerikaanse metalgitarist, voornamelijk bekend van de progressieve metalband Dream Theater. Hij is een veelzijdig gitarist, bedreven in snelle passages en arpeggios.
Petrucci groeide op in Long Island, New York. Daar ging hij naar school samen met John Myung (bassist van Dream Theater) en Kevin Moore (vroegere toetsenist van Dream Theater). Hij begon met gitaar spelen op 12-jarige leeftijd. Vroege invloeden zijn onder andere Yngwie Malmsteen, Randy Rhoads, Iron Maiden, Stevie Ray Vaughan, Yes en Rush. Tijdens de opkomst van thrashmetal verbreedde Petrucci zijn stijl met invloeden van bands als Metallica en Queensrÿche. Hij ontwikkelde zich verder door zich te richten op gitaristen als Steve Morse, Steve Vai, Allan Holdsworth, Al Di Meola, Joe Satriani, Neal Schon en Eddie van Halen.
Na zijn middelbare school begon hij met een opleiding aan het Berklee College of Music in Boston, Massachusetts, waar hij jazz, compositie en harmonie kreeg. Samen met John Myung, die ook daar zijn opleiding volgde, ontmoette hij de drummer Mike Portnoy en ze begonnen samen Majesty, de band die later Dream Theater zou worden.