Hubert Fournier (Riom, 3 september 1967) is een Frans voormalig voetballer en huidig voetbaltrainer. Hij was als laatst in dienst van Olympique Lyonnais in de Ligue 1.
Fournier begon zijn carrière bij US Maubeuge, maar verliet de laagvlieger al snel voor SM Caen in de Ligue 1. Hij had 4 jaar bij Caen gespeeld voordat hij naar EA Guingamp vertrok (Ligue 2). Hier speelde hij de meeste wedstrijden in zijn carrière. Met Guingamp promoveerde hij in het seizoen 1995/96 naar de Ligue 1. Toen hij een seizoen in de hoogste Franse divisie had gespeeld verhuisde Fournier naar Borussia Mönchengladbach in de Duitse Bundesliga. Na twee jaar in Duitsland ging Fournier terug naar Frankrijk, naar Olympique Lyon. Ook hier vertrok hij na twee jaar, hij ging terug naar Guingamp. Hij sloot zijn carrière in 2004 af bij FC Rouen.
Fournier begon in 2008 met coachen bij FC Gueugnon. Na een pauze van twee jaar werd Fournier opnieuw hoofdcoach, ditmaal bij Ligue 2-club Stade de Reims. Hij promoveerde met Reims in seizoen 2012/13 naar de Ligue 1. Reims eindigde het eerste seizoen op het hoogste niveau na 33 jaar als veertiende. Het seizoen daarna eindigde Reims zelfs als elfde. Sinds 2014 is Fournier hoofdcoach van Olympique Lyon. Hij eindigde in zijn eerste seizoen als hoofdcoach in Lyon, seizoen 2014/15, als tweede achter landskampioen Paris Saint-Germain, genoeg voor een plaats in de groepsfase van de Champions League. Hij wist deze groepsfase echter niet door te komen; Lyon eindigde als laatste. Op 23 december 2015 werd Fournier ontslagen en opgevolgd door Bruno Génésio.