Sir James Fraser Stoddart (Edinburgh, 24 mei 1942) is een Brits scheikundige. In 2016 kreeg hij de Nobelprijs voor de Scheikunde gedeeld met de Fransman Jean-Pierre Sauvage en de Nederlander Ben Feringa voor hun onderzoek naar moleculaire nanomachines.
De Schot Stoddart werd geboren in Edinburgh. Hij groeide op op Edgelow Farm en kreeg zijn opleiding op een lokale school in Carrington voordat hij naar het Melville College ging. Hij behaalde zowel zijn B.Sc (1964) als zijn Ph.D. (1966) aan de Universiteit van Edinburgh, de laatste onder begeleiding van Edmund Langley Hirst.
In 1967 ging hij als postdoc-student naar de Queen's University in Canada en aansluitend in 1970 naar de Universiteit van Sheffield als ICI-onderzoeker voordat hij als docent (lecturer) scheikunde toetrad tot de academische staf. In 1978 was hij werkzaam aan de Universiteit van Californië - Los Angeles (UCLA). Na een sabbatical (1978-81) aan het ICI bedrijfslaboratorium in het Britse Runcorn keerde hij in 1982 terug naar Sheffield. In 1980 verkreeg hij zijn D.Sc.-graad in Edinburgh voor zijn onderzoek naar stereochemie. In 1990 verkreeg hij de leerstoel Organische Chemie van de Universiteit van Birmingham en was hij hoofd van de School of Chemistry aldaar (1993-97) voordat hij naar UCLA ging als Saul Winstein Professor of Chemistry als opvolger van Nobellaueraat Donald Cram.