Filippo Magnini (Pesaro, 2 februari 1982) is een Italiaanse zwemmer.
Tijdens de Europese kampioenschappen kortebaanzwemmen 2005 in eigen land in Triëst wist Magnini beslag te leggen op de Europese titel op zowel de 100 meter vrije slag als de 200 meter vrije slag. Zijn tijd van 46,52 op de 100 meter was meteen ook een Europees record. Op de 200 meter was zijn tijd van 1.42,85 genoeg om zijn landgenoot Massimiliano Rosolino en Ross Davenport voor te blijven. Tijdens de Europese Kampioenschappen langebaan 2008 in Eindhoven behaalde hij een bronzen medaille op de 100 meter vrije slag, in een tijd van 48,53, meer dan een seconde achter Alain Bernard, die in diezelfde race een nieuw wereldrecord zwom.