Anja Huber (Berchtesgaden, 20 mei 1983) is een Duits skeletonster. Ze vertegenwoordigde haar vaderland op de Olympische Winterspelen 2006 in Turijn, op de Olympische Winterspelen 2010 in Vancouver en op de Olympische Winterspelen 2014 in Sotsji.
Huber maakte haar wereldbekerdebuut op 9 december in Igls. Ze kwalificeerde zich voor de Olympische Winterspelen van 2006, waar ze goed was voor een 8e plaats. Op 21 januari 2007 won ze haar eerste wereldbekerwedstrijd in datzelfde Igls. In 2008 nam Huber deel aan het wereldkampioenschap in Altenberg. Ze werd wereldkampioene in zowel het individuele nummer als de landenwedstrijd.
Tijdens de Olympische Winterspelen van 2010 in Vancouver gleed Huber naar de bronzen medaille. Huber behaalde in het seizoen 2010/2011 de eindoverwinning in de wereldbeker. Enkele weken later behaalde ze twee zilveren medailles in het individuele nummer en de landenwedstrijd op de Wereldkampioenschappen skeleton 2011. Op de Olympische Winterspelen 2014 werd Huber 8e.