Stéphane Chapuisat (Losanna, 28 giugno 1969) è un ex calciatore e allenatore di calcio svizzero, di ruolo attaccante.
Figlio dell'ex calciatore e allenatore elvetico Pierre-Albert, Stéphane Chapuisat segnò 21 gol in 103 partite con la maglia della Svizzera e prese parte al campionato del mondo 1994, al campionato d'Europa 1996 e al campionato d'Europa 2004.
Chapuisat cominciò la sua carriera professionistica nel Losanna nel 1987; nel 1991 si trasferì al Bayer Uerdingen in Bundesliga, prima di approdare nel Borussia Dortmund. Rimase a Dortmund fino al 1999, quando si fece ritorno in Svizzera, al Grasshoppers, in cui giocò per tre anni. Nel 2002 fu ceduto a un'altra squadra di Lega Nazionale A, lo Young Boys, prima di trasferirsi alla squadra della sua città natale, il Losanna, in Challenge League. Terminò la sua carriera agli inizi del 2006, dopo l'esperienza nelle file del Losanna.