Fabian Frei (Frauenfeld, 8 gennaio 1989) è un calciatore svizzero, centrocampista del Basilea e della nazionale svizzera.
Cresciuto nelle giovanili del Winterthur, nel luglio 2004 viene acquistato dal Basilea. Non scende mai campo fino al 2006, quando fa il suo esordio da professionista nella squadra riserve nel match di Prima Lega contro l'Under-21 del Lucerna, terminato 6-0, realizzando anche la prima rete in carriera. Nella stessa stagione fa il suo esordio nell'Under-18 contro i pari età austriaci, segnando ancora una volta al suo esordio.
Nella stagione seguente viene promosso in prima squadra, facendo il suo esordio nella Axpo Super League contro lo Zurigo. Gioca ancora nella squadra B, nella coppa nazionale e nella Coppa UEFA. Nel 2008-2009 si conferma titolare nel club, dove scende in campo per la prima volta in Champions League contro lo Sporting Lisbona. Viene convocato anche nell'Under-20, e per la prima volta anche nell'Under-21, dove realizza il suo primo gol nell'incontro amichevole contro l'Under-20 tedesca.