Thomas Helmer est un footballeur allemand né le 21 avril 1965 à Herford en Rhénanie-du-Nord-Westphalie, et qui évoluait au poste de défenseur.
En 1994, en jouant avec le Bayern Munich contre Nuremberg, Thomas Helmer inscrit un but fantôme en inscrivant le but de la victoire accordé par l'arbitre gêné par un cafouillage alors que le ballon passait à côté du poteau droit. Le match ayant été rejoué, le Bayern remporte largement le match sur le score de (5-0). Ce fut le premier but fantôme de l'histoire de la Bundesliga avant ce lui de Stefan Kießling , joueur du Bayer Leverkusen à Hoffenheim après la victoire de Leverkusen face à 1899 Hoffenheim (2-1). Après plusieurs semaines de décisions, la fédération allemande refuse de faire rejouer le match.