Shane Warne naît le 13 septembre 1969 à Ferntree Gully, une banlieue de Melbourne, dans l'état de Victoria. Son père Keith travaille dans les assurances. Sa mère Brigitte est née dans une famille ouest-allemande qui a émigré en Australie lorsqu'elle avait trois ans. Le sport est un élément essentiel de la famille Warne, Keith étant adepte de tennis tandis que Brigitte pratique la course à pied, le tennis et le basket-ball jusqu'à son adolescence. Shane pratique un peu le cricket durant sa jeunesse, mais préfère de loin le football australien et le tennis. Il participe pour la première fois à un match de cricket à l'âge de treize ans, mais son rêve est alors de devenir professionnel de football australien. Il fait partie de l'équipe junior des St Kilda Saints, dont il est supporter, lorsqu'il quitte l'école. Le club se sépare de lui après dix-huit mois. En 1988, il rejoint le St Kilda Cricket Club dans le Victorian Premier Cricket, qui le recrute pour ses qualités de batteur. Il joue pour la quatrième puis pour la troisième équipe du club. Il s'y essaie au lancer.