Sebastian Boenisch, né le 1 février 1987 à Gliwice, est un footballeur polonais. Il occupe le poste de défenseur central ou de latéral gauche au 1860 Munich.
Né à Gliwice en Pologne, Sebastian Boenisch émigre très tôt avec ses parents en Allemagne, près d'Essen, à l'extrême ouest du pays. Il commence donc à jouer au football dans la région, au SSVg Heiligenhaus, en 1992. Boenisch y passe huit années, avant de rejoindre en 2000 le Borussia Velbert. Repéré lors de sa première saison par le Rot-Weiss Oberhausen, il rejoint le club de deuxième division et ses équipes de jeunes dès 2001. Boenisch n'y reste que deux ans, recruté par le géant Schalke 04 en 2003. À son arrivée, il intègre l'équipe des moins de dix-huit ans de Gelsenkirchen. Performant ensuite avec la réserve, il est appelé chez les professionnels à seulement dix-neuf ans, en début d'année 2006. Le 11 février, il fait ses grands débuts avec Schalke 04 et joue les dernières minutes de la grosse victoire sept buts à quatre de son club sur le Bayer Leverkusen. Quatre jours plus tard, il est titularisé par Mirko Slomka, récemment arrivé au poste d'entraîneur, contre l'Espanyol de Barcelone en Coupe UEFA. Après ces deux matches, Boenisch retourne en équipe réserve, et y reste jusqu'à la fin de la saison.