Le 27 février 2002, un train transportant plusieurs centaines de passagers dont de nombreux pèlerins hindous est mis en feu près de Godhra, tuant 58 personnes. À la suite de rumeurs selon lesquelles l'attaque du train aurait été perpétrée par des musulmans, une vague de violence anti-musulmans se répand à travers le Gujarat et fait entre 900 et 2 000 morts et plusieurs milliers de blessés,. L'administration de l'État du Gujarat est accusé par des organisations de défense des droits de l'Homme, l'opposition et certains médias, de ne pas avoir pris la mesure des violences voire de les avoir approuvées dans certains cas,,. La décision de Modi de faire déplacer les corps brûlés des pèlerins de Godhra à Ahmedabad est également critiquée pour avoir enflammé les tensions,