Júnior Alonso, né le 9 février 1993 à Asuncion au Paraguay, est un footballeur international paraguayen évoluant au poste de défenseur central ou d'arrière latéral gauche au sein du club argentin du Boca Juniors, prêté par le LOSC Lille.
Júnior Alonso débute avec l'équipe des jeunes de Cerro Porteño où il participe à la Copa Libertadores des moins de 20 ans en 2012, son équipe atteint les quarts de finale. Le 10 mars 2013, il est appelé pour la première fois avec l'équipe première par l'entraîneur Francisco Arce pour un match contre le Deportivo Capiatá. Il connaît ensuite ses débuts dans la Copa Sudamericana 2013 le 31 juillet 2013 contre le Club Deportivo Universidad Católica. Le 24 novembre 2013, il est sacré champion avec le Cerro Porteño lors du Tournoi de clôture du championnat du Paraguay de football 2013.
En 2017, il est très proche de s'engager avec les Argentins du Racing Club mais il rejoint finalement le Lille OSC le 31 janvier 2017 où il signe pour une durée de 4 ans et demi. Il inscrit son premier but avec le club nordiste lors de la première journée du championnat 2017-2018, face à Nantes.