Jonathan Bernier (né le 7 août 1988 à Laval au Québec) est un joueur professionnel canadien de hockey sur glace. Il évolue au poste de gardien de but. Il est le frère de Marc-André Bernier.
Bernier commence sa carrière avec les Maineiacs de Lewiston dans la Ligue de hockey junior majeur du Québec. Le 24 septembre 2004, il joue son premier match dans la LHJMQ et encaisse son premier but par son frère Marc-André des Mooseheads de Halifax.
Il est choisi à la 11 position lors du premier tour du repêchage d'entrée dans la LNH 2006 par les Kings de Los Angeles. Au cours de la saison 2005-2006, il joue 69 matchs, dont 54 en tant que titulaire, pour 27 victoires et 26 défaites. Il réussit 2 blanchissages, encaisse 146 buts et une moyenne de buts de 2,7 buts par match (5 meilleure moyenne de la ligue). Les MAINEiacs réussissent à se qualifier pour les séries éliminatoires à la 4 de leur division mais sont éliminés au premier tour.