Johannes Eggestein est un footballeur allemand, né le 8 mai 1998 à Hanovre (Allemagne), évoluant au poste d'attaquant au Werder Brême.
Il est le frère de Maximilian Eggestein, qui évolue également au Werder Brême.
Johannes Eggestein est le fils de Karl Eggestein un ancien joueur de football, il débute au TSV Schloß Ricklingen avant de rejoindre le TSV Havelse où jouait déjà son père, en 2013 il rejoint la section jeune du Werder Brême, pendant ses trois années en junior il est deux fois meilleur buteur dans sa catégorie. Il signe son contrat professionnel le 2 juin 2016, et débute avec l'équipe U-23 du Werder en troisième division. Il joue la première fois avec l'équipe première le 26 août 2016 lors du match de Coupe d'Allemagne contre Sportfreunde Lotte où il rentre à la 62 minute. En mars 2017 il se blesse lors d'un stage avec la fédération allemande et ne jouera plus jusqu'en fin de saison. Lors de la deuxième journée de la saison 2017-2018 il joue son premier match de Bundesliga, contre le Bayern Munich. Il marque son premier but en Bundesliga lors de la 7 journée de la saison 2018-2019, contre VfL Wolfsbourg, trois minutes après son entrée en jeu.