Joseph Eric Thornton (né le 2 juillet 1979 à London en Ontario au Canada) est un joueur canadien de hockey sur glace professionnel de la Ligue nationale de hockey évoluant avec les Sharks de San José. Son cousin Scott Thornton était également son coéquipier en 2005-2006. Marié à une Suissesse, rencontrée lors de son premier passage à Davos, lors du lock-out de la LNH de 2004-2005, Thornton possède également le passeport suisse. De même que l'américain.
Joe Thornton occupe la position de joueur de centre. Il a été repêché par les Bruins de Boston lors du repêchage d'entrée dans la LNH 1997, à la première position au total. Il a connu une de ses meilleures saisons en saison 2005-2006 de la LNH avec une récolte de 125 points (29 buts et 96 passes en 81 matchs avec un différentiel plus-moins de +31). Durant le lock-out lors de la saison 2004-2005 de la LNH, il a joué avec le club suisse de Davos, avec qui il a remporté le championnat de Suisse de hockey sur glace et la Coupe Spengler. Lors de l'été 2005, Thornton a paraphé un contrat de trois ans d'une valeur de 20 millions de dollars US avec les Bruins. Il a toutefois été échangé aux Sharks de San José le 30 novembre 2005, soit moins de deux mois après l'ouverture de la saison. Les Bruins ont reçu en retour les attaquants Marco Sturm et Wayne Primeau ainsi que le défenseur Brad Stuart. On le considère comme l'un des meilleurs joueurs de la LNH.