Hunter Mahan passe professionnel en 2003, année où il dispute pour la première le Masters en raison de ses bons résultats universitaires, terminant à la 28e place. Il obtient dès la fin de cette année - en disputant les tournois de qualifications - sa carte pour la saison suivante du circuit américain du PGA Tour. Pour sa première complète sur ce circuit, elle obtient son meilleur résultat au Reno-Tahoe Open avec une deuxième place. Il doit attendre 2006 pour retrouver une place dans un Top 3 avec une deuxième place au Buick Championship. La saison suivante, il remporte son premier tournoi du circuit américain lors du Travelers Championship en battant en playoff Jay Williamson. Il obtient également trois autres Top 5 lors de cette saison. Il termine également à la sixième place lors de l'Open britannique.