Sir James Fraser Stoddart (né le 24 mai 1942 à Édimbourg) est un chimiste écossais du département de chimie de l'université Northwestern, où il travaille toujours au 7 octobre 2009.
Il travaille dans les domaines de la chimie supramoléculaire et de la nanotechnologie. Il a développé des synthèses très efficaces d'architectures moléculaires entrelacées comme le borroméane, formé d'un nœud borroméen moléculaire, les caténanes et les rotaxanes utilisés en reconnaissance moléculaire et dans des processus d'auto-assemblage moléculaire. Il a démontré que ces objets topologiques peuvent être employés comme interrupteurs moléculaires ou comme moteurs moléculaires. Lui et son groupe se sont même servis de ces molécules pour fabriquer des machines nanoélectroniques et des systèmes nanoélectromécaniques (NEMS). Ses efforts ont été reconnus par de nombreux prix dont le King Faisal International Prize in Science en 2007. Ses travaux lui ont valu le prix Nobel de chimie en 2016.