Opposant à titre personnel à la libéralisation de l'interruption volontaire de grossesse (IVG) au nom de ses valeurs, il accepte en février 1998 la tenue d'un référendum sur le sujet, une semaine après le vote par le Parlement d'une loi allant dans ce sens et proposée par une partie du PS. Du fait de ce positionnement, ni le PS ni le gouvernement ne mènent campagne pour le référendum, le premier de l'histoire démocratique, convoqué le 28 juin, ce qui suscite de violentes critiques de la part des Jeunesses socialistes (JS). Du fait d'une abstention de 68 %, le résultat négatif à 51,9 % n'est pas contraignant pour l'Assemblée de la République mais le groupe socialiste décide de ne pas pousser plus avant le débat parlementaire, ce résultat provoquant des reproches sévères de Manuel Alegre, opposant interne de Guterres au Parti socialiste.