En el 2008, Verner se convirtió en el primer checo en ganar el Campeonato Europeo desde la victoria de Petr Barna de en 1992. En el Campeonato del Mundo de 2008, estaba en cuarta posición tras el programa corto, pero terminó 15.º después de fallar en varios saltos en su programa largo. En la serie del Grand Prix de 2008/09 Verner participó en la Copa de China y la Copa de Rusia. Terminó tercero y segundo, respectivamente, clasificándose para la final, donde terminó cuarto. En el Campeonato Europeo de 2009, Verner estaba en segundo lugar al anotarse su mejor marca personal en el programa corto, pero cometió varios errores en el programa libre, por lo que bajó a la sexta posición. Terminó cuarto en el Campeonato Mundial de 2009.