Thomas Helmer (nacido el 21 de abril de 1965 in Herford, Alemania) es un futbolista alemán. Inició su carrera jugando por el Arminia Bielefeld en 1986 hasta que fue a jugar por el Borussia Dortmund en 1989. También jugó en el Bayern München y el Hertha BSC Berlin. Asimismo jugó en Inglaterra para el Sunderland.
Conquistó en tres oportunidades la Bundesliga en los años 1994, 1997 y 1999, 2 copas de Alemania en 1989 y 1998 y la Copa de la UEFA en 1996, así como una medalla de plata en la Eurocopa de 1992. Asimismo fue campeón en la Supercopa alemana de 1997 y 1998. En el 2005 empezó a trabajar como reportero deportivo en Alemania.
Debutó con Alemania el 10 de octubre de 1990 en la victoria de los alemanes por 3-1 sobre Suecia en Estocolmo. Con su selección jugó la Copa Mundial de Fútbol de 1994 y 1998, además de la Eurocopa de 1996, donde los alemanes se coronaron campeones, siendo este su mayor éxito con su seleccionado.