Brian nació en Huntington Beach, Orange County, California. Su primera guitarra se la dieron sus abuelos, una de las primeras canciones que aprendió fue "Stairway to Heaven". La mayoría de las canciones fueron transcritas por él mismo y en sexto grado, ya tocaba de oído.
Se reunió con el resto de la banda a través de Jimmy The Rev Sullivan. The Rev y Synyster Gates se conocieron en una tienda de metal en 8 º grado, cuando Jimmy comenzó a burlarse de él, pero cuando los dos comenzaron a hablar, se dieron cuenta de que ambos eran músicos y se convirtieron en amigos casi inseparables. Admite abiertamente que no fue bueno en la escuela. Brian se graduó y asistió al Instituto de Músicos, en Hollywood, como parte del programa Guitar Institute Of Technology, el estudio de la guitarra jazz. Hasta ese momento fue principalmente autodidacta viendo vídeos musicales y leyendo libros, lo cual es sorprendente porque su padre es un gran compositor y guitarrista.