Stefan Frei (n. Altstätten, Suiza, el 20 de abril de 1986) es un futbolista suizo-estadounidense. Juega de guardameta y su equipo actual es el Seattle Sounders FC de la Major League Soccer.
Frei se mudó de Suiza a los Estados Unidos a finales de los años 1990, y fue a la Escuela Secundaria De La Salle en Concord (California)|Concord, California, y jugó al fútbol en la Universidad de California, Berkeley. En 2008, fue nombrado al primer equipo All-Pac-10 y al equipo NSCAA Far West All-Region, además de ser nombrado al Equipo de la Temporada por el sitio web especializado Top Drawer Soccer. Durante sus años universitarios, Frei también jugó tanto para los San Francisco Seals como para los San Jose Frogs en la USL Premier Development League.
Frei fue nombrado MVP en el Combinado de Jugadores del Draft de la MLS en 2009 en Fort Lauderdale, Florida. Esto le valió firmar un contrato de Generación Adidas, y fue seleccionado en la primera ronda en el draft de dicho año por el Toronto FC.