Shkodran Mustafi (17 de abril de 1992, Bad Hersfeld, Alemania) es un futbolista alemán de padres albaneses que juega como defensa central y su actual equipo es el Arsenal FC de la Premier League de Inglaterra.
Nació en Bad Hersfeld (Alemania) en una familia albanesa, original de Macedonia del Norte. Empezó su carrera en las categorías inferiores del 1. FV Bebra, y tras una temporada en el SV Rotenburg fichó en 2006, con 14 años, por las categorías inferiores del Hamburgo SV.
En mayo de 2009, con 17 años, fichó por el Everton FC de Inglaterra, en un principio para el equipo filial, rechazando ofertas de Manchester City y Newcastle. El técnico David Moyes le hizo debutar en partido oficial el 17 de diciembre de 2009 sustituyendo a Tony Hibbert en el minuto 75 de la derrota 0-1 contra el BATE Borisov en la UEFA Europa League. Fue convocado en enero para partidos de la Premier League contra Arsenal y Manchester City, pero no llegó a jugar.