Markus Weinzierl (nacido el 28 de diciembre de 1974) es un ex jugador y entrenador de fútbol alemán. Fue director de SSV Jahn Regensburg, entre 2008 y 2012, Weinzierl consiguió promoción del SSV Jahn Regensburg a la Bundesliga. El 17 de mayo de 2012, fue nombrado entrenador del FC Augsburgo de la Bundesliga, equipo al que dirigió hasta el 2 de junio de 2016, cuando se fue al FC Schalke 04. Actualmente está libre tras dejar el VfB Stuttgart.
Weinzierl fue contratado por el SSV Jahn Regensburg el 24 de noviembre de 2008.
Weinzierl fue nombrado por el FC Augsburgo el 17 de mayo de 2012. Su primer partido en el cargo fue el 17 de agosto de 2012 contra SV Wilhelmshaven en el DFB-Pokal. En su primera temporada, Weinzierl ganó sólo un partido en la primera mitad de la campaña. Sin embargo, acabaron la temporada en 15.º lugar y dos puntos por encima de la zona de descenso. El Augsburgo derrotó al Bayern por 1-0 para acabar su racha de 53 partidos invicto. Esa era también la primera vez que el FC Augsburgo vencía al Bayern. La última vez que un club de Augsburgo derrotó al Bayern fue cuando lo hizo el BC Augsburgo el 6 de agosto de 1961.