Manuel Fernandes (Lisboa, 5 de febrero de 1986) es un futbolista portugués que juega como centrocampista en el FC Lokomotiv Moscú, equipo de la Liga Premier de Rusia, y que es internacional con la selección de fútbol de Portugal.
Manuel Fernandes se inició en el fútbol callejero del barrio lisboeta de Amadora hasta que fichó por las categorías inferiores del SL Benfica, debutando con el primer equipo en la temporada 2003/04 bajo las órdenes del técnico español José Antonio Camacho. Durante las dos temporadas siguientes formó parte de la primera plantilla, ganando la Liga portuguesa de fútbol 2004/05 a las órdenes del técnico italiano Giovanni Trapattoni, 11 años después de su último título de liga.
Habiendo representado a Portugal en cada categoría desde la Sub15 hacia arriba, hizo su estreno internacional en un amistoso contra Irlanda en febrero de 2005. Un mes más tarde, en su segundo partido como un jugador, abrió su cuenta de goleador internacional anotando su primer gol.