Jonny William Flynn (Niagara Falls, Nueva York, 6 de febrero de 1989) es un exjugador de baloncesto estadounidense que disputó cinco temporadas como profesional, tres de ellas en la NBA. Con 1,83 metros de altura, jugaba en la posición de base.
Jugó durante dos temporadas con los Orangemen de la Universidad de Syracuse, en la que promedió 16,6 puntos y 6,0 asistencias por partido. En su primer partido oficial con el equipo, batió el récord de la universidad de anotación para un debutante, que hasta ese momento mantenía Carmelo Anthony, consiguiendo 28 puntos. Esa temporada conseguiría ser nombrado debutante del año de la Big East Conference.
En su segunda temporada consiguió 10 o más puntos en 36 de los 38 partidos que disputó, siendo su mejor encuentro el disputado ante Connecticut el 12 de marzo de 2009, en el cual se llegaron a producir hasta 6 prórrogas. Flynn jugó 67 de los 70 minutos posibles, consiguiendo 34 puntos y 11 asistencias, anotando 16 de 16 lanzamientos de tiros libres. Esa temporada fue finalista del Bob Cousy Award e incluido en el segundo mejor quinteto de su conferencia.