Jens Keller (nacido el 24 de noviembre de 1970 en Stuttgart, Alemania) es un ex jugador y entrenador de fútbol alemán. Actualmente dirige al FC Ingolstadt 04 de la 2. Bundesliga.
El 13 de octubre de 2010, Keller fue nombrado nuevo entrenador jefe del VfB Stuttgart, pero fue destituido tras sólo dos meses, consiguiendo 5 victorias, 3 empates y 5 derrotas.
El 16 de diciembre de 2012, Keller, que hasta entonces entrenaba a los juveniles del FC Schalke 04, fue anunciado como el nuevo técnico del primer equipo, relevando a Huub Stevens. El conjunto alemán era el séptimo clasificado tras la 17ª jornada, y a Keller se le encomendó la misión de entrar en competición europea. Finalmente, el Schalke se aseguró la cuarta plaza de la Bundesliga 2012/13 venciendo al S.C. Friburgo en la última jornada, obteniendo así acceso a la previa de la Liga de Campeones 2013-14. Antes de terminar esta temporada de altibajos pero finalmente culminada de forma positiva, el Schalke decidió renovar el contrato con Keller por dos años.