Henry Jackson Thomas Jr. (San Antonio, Texas, 9 de septiembre de 1971) es un actor estadounidense. Se dio a conocer tras protagonizar en su niñez el rol de Elliot en la película E.T., el extraterrestre (1982) de Steven Spielberg, rol por el que fue nominado a un Globo de Oro y un BAFTA. Sus interpretaciones más destacadas son en las películas Valmont (1989), Legends of the Fall (1994), Suicide Kings (1997), Gangs of New York (2002), I Capture the Castle (2003) o 11:14 (2003).
Thomas nació el 9 de septiembre de 1971 en San Antonio, Texas, donde pasó su infancia y estudió en el East Central High School y en el Blinn College.
Thomas ha contraído matrimonio en tres ocasiones; con la actriz Kelly Hill (2000-2002) y con la actriz alemana Marie Zielcke (2004-2007), con quien tuvo una hija, Hazel. Actualmente vive en la ciudad de Los Ángeles con su actual esposa, Annalee, su hija Hazel, y dos hijos de su tercer matrimonio, Evelyn y Henry.